Chromosomų konformacijos fiksavimo (3C) metodai atskleidžia chromosomų struktūrą branduolyje, nustatydami fizinį taškų porų artumą išilgai chromatino. Jie išsaugo chromatino sąveiką sujungdami kryžminius ryšius, o po to fragmentuodami, surišdami ir nustatydami sąveikaujančių sričių seką.
Kaip veikia chromosomų konformacijos fiksavimas?
Chromosomų konformacijos fiksavimas mikroschemoje (4C) užfiksuoja sąveiką tarp vieno lokuso ir visų kitų genominių lokusų. Tai apima antrąjį ligavimo etapą, siekiant sukurti savaiminio cirkuliacinius DNR fragmentus, kurie naudojami atvirkštinei PGR atlikti. … Vienoje mikromasyvoje galima išanalizuoti maždaug milijoną sąveikų.
Kas yra chromatino konformacijos fiksavimas?
Chromatino konformacijos fiksavimas (3C) yra svarbus metodas, naudojamas tiriant chromatino struktūrą, taip pat kelių kitų darinių metodų pagrindas. … Protokolas apima formaldehido kryžminį ląstelių susiejimą, po to išskyrimą chromatinu ir virškinimą restrikcijos fermentu.
Kaip veikia Hi-C sekos nustatymas?
Hi-C metodas išplečia 3C-Seq, kad atvaizduotų chromatino kontaktus visame genome, be to, jis buvo taikomas tiriant chromatino sąveiką in situ. Šiuo metodu DNR-b altymų kompleksai sujungiami formaldehidu. Mėginys suskaidomas, o DNR ekstrahuojama, surišama ir suardoma restrikcijos fermentais.
Kas yra Hi-C technika?
Klasikinė Hi-C technika apima formaldehidu susieto genomo restrikcinį skaidymą su sekai specifiniais restrikcijos fermentais, po to suvirškintų galų užpildymas ir taisymas, įtraukiant su biotinu susiję nukleotidai. Sutaisyti galai vėl surišami.
