Primer dimer artefaktai paprastai atsiranda esant dideliui slenksčio ciklo skaičiui (paprastai > 35 ciklai), kuris yra didesnis nei norimo amplikono ciklo slenkstis. Pridedant heterologinę genominę DNR, pradmenų dimerai pastebimai padidėja.
Kur pamatytumėte pradmenų dimerus ant DNR gelio?
Atliekant nekiekybinį galutinio taško PGR pradmenų dimeris pasirodys kaip daugiau ar mažiau silpnas agarozės gelio tepinėlis žemiau dominančios produkto juostos.
Kaip susidaro grunto dimeriai?
Pradmenų dimerai susidaro kai du pradmenys jungiasi vienas su kitu, o ne su šablono DNR, dėl pradmenų komplementarumo sričių.
Kaip aptinkate pradmenų dimerus?
Lengviausias būdas patikrinti, ar nėra pradmenų-dimerų, yra palyginti savo reakcijas su neigiama kontrole (vanduo, o ne DNR ar RNR). Pradmenų dimerai vis tiek susidarys neigiamoje kontrolėje. Kai kurie gruntų rinkiniai labiau linkę sudaryti dimerus nei kiti.
Kodėl atsiranda pradmenų dimeriai?
Dažniausiai pradmenų dimerai matomi dėl didelės pradmenų koncentracijos PGR reakcijos mišinyje. Arba jei nėra PGR amplifikacijos ir galite matyti pradmenų dimerį agarozės gelyje. Jei matote PGR produktą, galite sumažinti pradinio produkto koncentraciją ir išlaikyti kitas sąlygas.
