Homologijos modeliai taip pat gali būti naudojami nustatyti subtilius skirtumus tarp susijusių b altymų, kurie ne visi buvo išspręsti struktūriškai . Pavyzdžiui, šis metodas buvo naudojamas katijonų surišimo vietoms identifikuoti Na+/K+ ATPazėje ir hipotezėms apie skirtingų ATPazių surišimo afinitetus pasiūlyti..
Kam naudojami homologijos modeliai?
Homologinis modeliavimas yra vienas iš skaičiavimo struktūros numatymo metodų, kurie naudojami b altymo 3D struktūrai nustatyti pagal jo aminorūgščių seką. Jis laikomas tiksliausiu iš skaičiavimo struktūros numatymo metodų. Jį sudaro keli žingsniai, kurie yra nesudėtingi ir lengvai pritaikomi.
Kas yra homologijos modeliavimas ir kodėl jis reikalingas?
Homologinis modeliavimas suteikia Trimatę tikslinio b altymo struktūrą, pagrįstą šablono ir tikslinių sekų panašumu ir šis metodas pasirodė esąs veiksmingas, kai reikia tirti membraninius b altymus, kurie yra sunkiai kristalizuojami kaip GPCR, nes tai leidžia geriau suprasti …
Kaip atlikti homologinį modelį?
yra keli homologijos modeliavimo etapai
- šablono pasirinkimas naudojant tikslinę seką. Šiuo tikslu galite atlikti BLASTp paiešką pagal visas turimas b altymų struktūras (PDB). …
- Šablono ir tikslinės sekos suderinimas. …
- Jūsų modelio kokybė. …
- Patobulinimasatitinkamai savo modelį.
Kas yra geros homologijos modeliavimas?
Jei apibrėžiame „labai sėkmingą homologijos modelį“kaip tokį, kurio <=2 Å rmsd pagal empirinę struktūrą, tai šablonas turi turėti >=60% sekos tapatumą su tikslu, kad būtų sėkmingas. kursas >70%. Net esant didelėms sekos tapatybėms (60–95 %), net vienas iš dešimties homologijos modelių turi rmsd >5 Å vs.